根据最新的排名信息，物理系最好的大学排名如下：

北京大学

清华大学

中国科学技术大学

复旦大学

上海交通大学

南京大学

浙江大学

南开大学

武汉大学

中山大学

这些排名综合了不同评价体系和时间点的数据，因此建议以最新的官方信息或权威排名榜单为准。如果需要更详细的信息，可以进一步查询相关排名榜单或官方发布的信息。