南京的自动化专业排名如下：

南京大学：

全国排名第112位，星级排名为4，专业档次为B++，属于中国高水平专业。

南京信息工程大学：

全国排名第61位，星级排名为3，专业档次为B+，属于江苏高水平大学建设高校。

南京航空航天大学：

在江苏省内排名靠前，具体全国排名未提及，但属于江苏省内顶尖高校之一。

中国矿业大学：

在江苏省内排名靠前，具体全国排名未提及，但属于江苏省内顶尖高校之一。

江苏科技大学：

在江苏省内排名靠前，具体全国排名未提及，但属于江苏省内顶尖高校之一。

南京工业大学：

在江苏省内排名靠前，具体全国排名未提及，但属于江苏省内顶尖高校之一。

南京师范大学：

在江苏省内排名第三。

南京邮电大学：

在江苏省内排名第四。

南京林业大学：

在江苏省内排名第六。

江苏大学：

在江苏省内排名第八。

扬州大学：

在江苏省内排名第九。

南通大学：

在江苏省内排名第十。

建议：

南京大学和 南京信息工程大学在全国排名中较为靠前，且均为中国高水平专业，适合成绩较好的学生报考。

南京航空航天大学、 中国矿业大学、 江苏科技大学和 南京工业大学等高校在江苏省内排名靠前，且专业实力较强，适合希望在南京地区发展的学生报考。

南京师范大学、 南京邮电大学、 南京林业大学、 江苏大学、 扬州大学和 南通大学等高校在江苏省内也有较好的排名和实力，适合不同层次的学生报考。