根据最新的排名，以下是全国应用物理学专业最好的大学：

北京大学（排名第1）

中国科学技术大学（排名第2）

清华大学（排名第3）

复旦大学（排名第4）

上海交通大学（排名第5）

南京大学（排名第6）

南开大学（排名第7）

吉林大学（排名第8）

浙江大学（排名第9）

武汉大学（排名第10）

这些大学在应用物理学专业的教育和研究领域中表现卓越，拥有强大的教学质量和科研成果。