南京医科大学在全国双一流大学中排名第104位.根据校友会公布的2022-2024中国双一流大学排名榜单参考数据，南京医科大学被校友会评为中国高水平大学。在校友会2025双一流大学排名榜单中星级4★，排名第104。在校友会2024双一流大学排名榜单中星级4★，排名第104。