孙卓报考的是南京工业大学的 应用物理学专业。根据提供的信息，这个专业在多个方面都表现出色：

专业热门度：

应用物理学专业是一个热门专业，孙卓选择这个专业并不让人意外，因为他对物理有浓厚的兴趣，并且与物理老师关系友好。

学校实力：

南京工业大学虽然不是985或211高校，但在传统工科领域有很强的影响力，尤其是化工专业始终保持全国前三的水平。该校在江苏省的认可度也不输于211院校。

专业难度：

应用物理学专业被称为“卷王专业”，难度非常高，录取难度也很大。孙卓能够被录取，说明他的成绩非常优秀。

未来发展：

应用物理学专业虽然不是一个王牌学科，但它是特色建设的专业，学校会投入大量经费支持这个专业的发展。这个专业在未来考研或找工作时应该会有很大的便利。

个人兴趣：

孙卓选择专业时更看重自己的兴趣，而不是学校的知名度。他认为兴趣才是选择学校的第一要素，因此选择了自己喜欢的物理专业。

综合以上信息，孙卓报考的南京工业大学应用物理学专业是一个非常有前景且符合他个人兴趣的专业。虽然学校不是985或211，但其在工科领域的实力和影响力，以及专业的热门度和难度，都使得这个专业成为一个值得选择的好专业。