新高考制度带来了多方面的挑战和难题，主要包括以下几个方面：

优质生源与专业发展

选科功利化倾向：学生在选择科目时往往倾向于选择容易获得高分的学科，而避开难度较大的学科，如物理。这种趋易避难的倾向导致物理等学科的选考人数下降，影响高校招生和专业设置。

专业相关性：高水平高校强调专业相关性，而一般高校则更多考虑专业对考生的吸引力。民办院校和高职院校则通过放宽选考科目限制来谋求更好的位置。

因材施教与生源结构多元化

生源结构变化：新高考模式下，学生的生源结构和知识结构变得多元化，导致同个专业内的学生选考科目各不相同，知识基础、学科特长和专业基础差异较大。

人才培养方案调整：高校需要重新修订人才培养方案，以适应生源结构的多样性和学生兴趣的差异性，实现因材施教。

公平竞争与特色发展

冷门专业生源危机：由于选科集中，一些冷门专业面临生源不足的问题，影响其发展。

批次合并与录取分数差异化：一二批次本科合并后，同一学校不同专业的录取分数可能差异显著，增加高校招生和生源竞争的压力。

师资与教学资源

教师资源不均衡：学生选科偏向导致某些学科教师资源过剩，而其他学科教师资源不足，造成资源浪费。

走班制效果差：走班制虽然增加了学生的选择权，但实施效果较差，且增加了师生的负担。

考试与评价体系

英语“一年两考”：英语考试由一年一考变为一年两考，虽然增加了学生的考试机会，但也给教师带来更大压力，且应试教育趋势明显。

等级赋分制问题：等级赋分制虽然有助于解决学科间分数不等值的问题，但也存在一些漏洞和争议，如学霸集中选考某一科目可能导致其他学生成为“炮灰”。

教学管理与学生发展

学生发展指导：新高考赋予学生更多选择权，但如何确保学生真正能够选择适合自己的科目和方向，是一个重要挑战。

教育资源投入：新高考需要更多的教育资源和技术投入，以确保测试的质量和效力，个性化测试也可能带来题目掌握难度不一的问题。

综上所述，新高考制度在增加学生选择权的同时，也带来了诸多挑战，需要教育部门、学校、教师和学生共同努力，通过合理的政策设计和有效的实施措施，来应对这些难题，确保教育质量和公平。