高考539分能报考的大学包括但不限于以下几所：

1. 中北大学

2. 温州大学

3. 安徽理工大学

4. 江汉大学

5. 上海师范大学（中外合作）

6. 江苏师范大学

7. 南京晓庄学院

8. 宁波大学（中外合作）

9. 河南财经政法大学

10. 兰州交通大学

11. 江苏大学

12. 东北财经大学

13. 中南民族大学

14. 西南科技大学

15. 锦州医科大学

16. 河北师范大学

17. 青岛理工大学

18. 浙江工业大学

19. 南京工业大学

20. 杭州电子科技大学

21. 天津商业大学

22. 天津体育学院

23. 南通大学

24. 重庆交通大学

25. 第四军医大学

26. 北京建筑大学

27. 淮北师范大学

28. 中国石油大学（华东）

29. 中国药科大学

30. 西南交通大学

31. 重庆工商大学

32. 南京农业大学

33. 山东建筑大学

34. 上海电机学院

35. 湖南工商大学

36. 河南师范大学

37. 成都中医药大学

38. 宁波诺丁汉大学

39. 河南理工大学

40. 山东师范大学（中外合作）

请注意，每年的录取分数线会有所变动，建议您查看最新的高考录取分数线和相关信息，以获取最准确的报考信息。