仙游县保留的书院包括：

1. 浔阳书堂

2. 夹漈书院

3. 朝天书院

4. 馨山书院（又名兴山书院）

5. 金石书院

6. 济川云峰书院

7. 芹林书院

8. 会元书院

9. 大飞书院

10. 双林书院

11. 罗山书院

这些书院中，一些历史悠久，如馨山书院和金石书院，在宋代和清代都有重要的教育功能，并培养了许多人才。其中，会元书院在宋代非常兴盛，朱熹等名人学者曾在此讲学。