上海交通大学的多个专业都享有很高的声誉，并且在国内和国际上都有显著的影响力。以下是一些被广泛认为最好的专业：

船舶与海洋工程：

该专业在全国第四轮学科评估中位列A+档，被认为是国内领先的专业之一，主要就业方向包括海事局、国内外船级社等，有广阔的发展前景。

临床医学：

作为国家“双一流”建设学科，临床医学专业依托附属医院的丰富教育资源，为学生提供了从理论学习到临床实践的全方位完善的教育体系。该专业在国内众多医学院中学术排名占据重要位置，毕业生在国内外医疗领域享有极高的声誉。

电气工程与自动化：

该专业师资力量强大，老师授课水平高，在全国高校中排名靠前，培养的是能够从事电气工程相关系统运行的优秀人才，毕业生在电力公司或者国企等单位就业前景广阔。

机械工程：

作为传统的强势专业，机械工程专业在国际上享有很高的声誉，培养了大量优秀的工程师和学者。

材料科学与工程：

材料学是现代工业的基础，上海交通大学在这一领域同样表现出色。

信息与通信工程：

随着信息技术的快速发展，这个专业的毕业生需求量大，上海交通大学在这方面也有很好的教学和研究成果。

工商管理：

该专业是学校王牌专业之一，拥有强大的实力，并且是国内唯一一个获得三项国际顶级认证的商学院，就业前景很大。

控制科学与工程：

这个专业涉及自动化、智能系统等领域，是当前科技发展的热点方向之一。

环境科学与工程：

该专业在全国排名中位列第一，评为A++，在中国具有顶尖的地位。

生物医学工程：

结合医学与工程技术，是一个跨学科的新兴领域，上海交通大学在这个领域也有显著的成就，全国排名中位列第一，同样评为7星，属于世界知名高水平专业。

这些专业不仅在学术和科研方面表现出色，而且在就业市场上也具有很高的竞争力。选择哪个专业更好，取决于个人的兴趣和职业规划。建议综合考虑自己的兴趣和长远的职业目标，选择最适合自己的专业。