根据最新的可靠数据，昆明市在云南高考中的平均分是最高的。2024年，昆明市在高分段占据了全省的半壁江山，是近10年来最辉煌的一年。尽管曲靖市的教育资源也很雄厚，且过去十年中成绩一直紧随昆明市之后，但昆明市在2024年的表现尤为突出。

此外，玉溪市和曲靖市也是云南高考成绩较好的城市，但它们的平均分相对较低，分别位于昆明市之后。

综上所述，昆明市在云南高考中的平均分最高，是全省最优秀的高考地区。