以下是在清华大学中评价相对较差的专业：

交通运输工程：

在学科评估中被评为C-，是清华大学中评分最低的专业之一。

心理学：

同样在学科评估中被评为C-，就业满意度也较低。

化学专业：

满意度低，就业面广但技术要求高。

核工程与核技术：

虽然专业排名靠前，但学习难度大，可能由于核能与核技术的双刃剑特性导致学生选择较少。

制造自动化与测控技术：

专业覆盖面广，但学生兴趣不高。

生物科学：

就业满意度低，毕业生评价普遍不高。

能源与动力工程：

就业满意度低，毕业生评价普遍不高。

材料化学：

虽然属于交叉学科，但本科生就业环境不理想。

大气科学：

在第四轮学科评估中仅获得C+，相对冷门。

科学技术史：

在第四轮学科评估中仅获得C+，专业较为冷门。

建议：

交通运输工程和 心理学：这两个专业在学科评估中均被评为C-，是清华大学中评分最低的专业之一，建议学生在选择专业时慎重考虑。

化学专业：虽然就业面广，但学生满意度低，建议学生在选择化学专业时，进一步了解该专业的课程设置和就业前景。

核工程与核技术：学习难度高，就业前景一般，建议学生在选择该专业时，充分考虑自己的学习能力和职业规划。

制造自动化与测控技术、 生物科学、 能源与动力工程、 材料化学、 大气科学和 科学技术史：这些专业在学科评估中表现一般或相对冷门，建议学生在选择这些专业时，仔细了解各专业的课程设置和就业情况。

请注意，这些评价可能随时间和学科发展而有所变化，建议进一步了解各专业的最新情况。