以下是导航工程专业最好的大学：

武汉大学：

全国排名第一位，导航工程专业的综合等级为A+。

北京建筑大学：

全国排名第二位，导航工程专业的综合等级为A+。

武汉理工大学：

全国排名第三位。

桂林电子科技大学：

全国排名第四位。

中国民用航空飞行学院：

全国排名第五位。

安徽理工大学：

全国排名第六位。

战略支援部队信息工程大学：

全国排名第七位，专业档次为A++。

空军工程大学：

全国排名第八位，专业档次为A+。

电子科技大学：

全国排名第九位。

南京航空航天大学：

全国排名第十位。

建议：

武汉大学、 北京建筑大学和 武汉理工大学在导航工程专业的综合排名中位居前三，是导航工程专业的顶尖学府。

中国民用航空飞行学院在导航应用与规划、空管保障设施方面具有独特的优势，适合对航空领域有兴趣的学生。

战略支援部队信息工程大学和 空军工程大学在军事导航和航天领域有深厚的科研实力，适合有志于国防科技事业的学生。

根据以上信息，考生可以根据自己的兴趣和职业规划，选择最适合自己的大学和专业。