南通大学最好的专业主要包括以下几个：

临床医学：

该专业在2024年省内专业录取分中，历史类最高分来自汉语言文学（师范），该专业最高分581，最低录取分561（位14231）。

电子信息：

该专业在2024年省内专业录取分中表现优异，物理类普通批中录取分最高。

预防医学：

该专业也是南通大学的优势专业之一。

机械：

该专业在2024年省内专业录取分中表现较好。

自动化：

该专业在2024年省内专业录取分中表现优异。

纺织工程：

整体来说，南通大学最强的学科是医学类和纺织工程。

交通工程：

该专业在2024年省内专业录取分中表现较好，且被列为国家级一流本科专业。

汉语言文学：

该专业在2024年省内专业录取分中表现优异，且被列为国家级一流本科专业和省级一流本科专业。

小学教育：

该专业被列为国家级一流本科专业。

药学：

该专业被列为省级一流本科专业。

护理学：

该专业在2024年省内专业录取分中表现较好，且被列为省级一流本科专业。

计算机科学与技术：

该专业在2024年省内专业录取分中表现优异，且被列为省级一流本科专业。

综合以上信息，南通大学最好的专业包括临床医学、电子信息、预防医学、机械、自动化、纺织工程、交通工程、汉语言文学、小学教育、药学和护理学等。这些专业在学科评估和录取分方面均表现优异，是南通大学的王牌专业。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些专业，以获得更好的学术和职业发展机会。