当前天体物理学科最好的大学是 南京大学和 中国科学技术大学。这两所大学在教育部的学科评估中均获得了A+的评价，表明它们在天体物理学领域的研究和教学处于国内领先水平。

具体来说，南京大学的天文学学科被评为A+，并且其天文与空间科学学院是中国天文学顶尖人才的摇篮，拥有中国唯一的天文学一级重点学科。中国科学技术大学也是国内天体物理学研究的重要基地，同样在教育部第四轮天文学科评估中获得了A+的最高评价。

虽然北京大学的天文学在教育部评估中进入B+类，排名略低于南京大学和中国科学技术大学，但依然是中国顶尖的天文学教育机构之一。

上海交通大学和北京师范大学的天体物理学专业在国内也有一定的影响力，但在上述学科评估中分别获得了C+和C-的评价。

综合考虑，南京大学和中国科学技术大学在天体物理学科方面处于领先地位，是首选的两所大学。北京大学、上海交通大学和北京师范大学也是非常好的选择，具体排名可能会因不同评价标准和年份有所变化。