新疆高考难度较大的学校主要包括以下几所：

北京大学：

在2024年的排名中，北京大学首次夺得冠军宝座，表明其在新疆地区的录取难度非常大。

清华大学：

尽管清华大学在2024年未能进入前三名，但其在新疆地区的录取难度仍然较高。部分热门专业的取消可能导致了其录取难度有所降低，但仍然是新疆高考的难点之一。

中国科学院大学：

在2024年的排名中，中国科学院大学的名次上升了9位，显示出其在新疆地区的录取难度较大。

北京航空航天大学：

北京航空航天大学在2024年排名上升了2位，并首次闯入前十，表明其在新疆地区的录取难度也较大。

哈尔滨工业大学：

哈尔滨工业大学从第39名直线上升到第7名，其成绩令人赞叹，显示出其在新疆地区的录取难度显著提升。

新疆医科大学：

新疆医科大学在2024年的排名上升了227名，位列新疆高校首位，但其录取难度也相应增加，特别是医学检验技术和药学专业的缩招幅度显著。

新疆第二医学院：

通过扩招热门专业来吸引考生填报，新疆第二医学院的排名上升了204名，显示出其录取难度也有所提升。

武汉大学：

武汉大学在2024年的排名波动较大，从第12名飙升至第4名，随后又跌至第8名，表明其在新疆地区的录取难度不稳定。

南开大学：

南开大学在2024年排名从第8名急剧下降至25名，但随后又重返前十，显示出其在新疆地区的录取难度也较大。

新疆财经大学：

新疆财经大学在2024年的排名上升了169名，但由于其在文科方向的本科一批和二批整体缩招，尤其是市场营销和国际商务这类专业的缩招幅度较大，导致其录取难度上升。

综上所述，北京大学、清华大学、中国科学院大学、北京航空航天大学、哈尔滨工业大学、新疆医科大学、新疆第二医学院、武汉大学、南开大学和新疆财经大学在新疆地区的高考录取难度较大。建议考生在报考这些学校时，要充分了解各专业的录取情况和自身实力，做好充分的准备。