高考自主命题的学校主要包括以下几所：

北京大学

清华大学

浙江大学

上海交通大学

复旦大学

南京大学

武汉大学

北京航空航天大学

北京理工大学

中国农业大学

北京师范大学

南开大学

天津大学

大连理工大学

东北大学

吉林大学

哈尔滨工业大学

同济大学

东南大学

这些学校根据自身的教学特色和学科要求，自行组织研究生入学考试的命题工作，而不是采用全国统一命题的方式。