山东高考改革的问题主要包括以下几个方面：

高考科目选择方式：

理论上存在多达几十种组合，不同学科之间分数的比较是否科学合理存在质疑。虽然最后不同科目之间会换算成与成绩名次相关的分数，但权重比是否科学合理仍有争议。有些学科选课人数极少，导致实际组班和配备任课教师困难。

学校选课条件：

学校能否提供选课要求的条件以及质量能否保证存在疑问。虽然上级主管部门强调必须满足学生的选科自主权，但实际情况是学校没有足够的教学空间和师资。有些学校直接限定了组合方式，这背离了高考选科的初衷。

高考志愿填报：

选科组合制度的变革直接影响了高考志愿的填报。不同选科限定了所选专业和学校，这意味着一旦选科确定下来，就意味着很多类学校和专业就没机会录取了。

语数外命题：

语数外是全国统一命题还是山东省统一命题存在疑问。虽然目前语数外是全国统一命题，但未来是否会有变化尚不确定。

合格考和等级考：

合格考和等级考是否也是全省统一命题存在疑问。目前合格考和等级考都是山东省统一命题，但未来是否会有变化尚不确定。

高校招生政策：

高校招生政策的变化，如综合评价招生模式和“硬科技”专业招生计划，虽然有助于更全面地评估学生，但也带来了一定的不确定性和挑战。

考试方式：

推行高中联考和全程录像等措施，虽然有助于保证高考公平公正，但也可能带来新的挑战和问题。

综合素质评价：

推行“两依据、一参考”的考试招生模式，即依据学业水平考试成绩和参考综合素质评价来招生录取，这种模式虽然更加全面，但如何具体实施和评价学生的综合素质仍是一个挑战。

综上所述，山东高考改革在多个方面存在争议和不确定性，需要进一步完善和调整，以确保改革的公平性和有效性。