清华大学在设置专业时，主要采取以下几种方式：

按学科门类设置

清华大学共设有12个学科门类，包括理学、工学、文学、艺术学、历史学、哲学、经济学、管理学、法学、教育学、医学和交叉学科等。每个学科门类下设有多个具体专业。

按专业大类招生

清华大学在本科招生时，将专业分为多个大类进行招生，共有16个专业大类涵盖60多个招生方向。这些专业方向都是国内甚至世界一流的，考上了将来不愁找不到好工作。

具体专业设置

清华大学的具体专业设置如下：

理学：包括数学科学类、物理学类、化学类、材料科学与工程类、生物科学类、地球科学类、环境科学与工程类等。

工学：包括机械工程、车辆工程、建筑环境与能源应用工程、电气工程及其自动化、能源与动力工程、电子信息科学与技术、计算机科学与技术、自动化等。

文学：包括中国语言文学类、外国语言文学类等。

历史学：包括历史学类等。

哲学：包括哲学类等。

经济学：包括经济学类等。

管理学：包括工商管理类、管理科学与工程类等。

法学：包括法学类等。

教育学：包括教育类等。

医学：包括临床医学类、口腔医学类等。

艺术学：包括设计学类、美术学类、艺术史论等。

按院系分类

清华大学设有多个学院和系，每个学院和系负责不同的专业。例如，建筑学院负责建筑学、城乡规划、风景园林、建筑环境与能源应用工程等专业；土木水利学院负责土木工程、工程管理、水利水电工程、交通工程、水利科学与工程等专业。

选修课程

清华大学鼓励学生在高年级根据自己兴趣选修相关研究方向的课程，以拓宽知识面，增强综合素质。

综上所述，清华大学在设置专业时，既考虑了学科门类的全面性，又注重专业大类的细分和学生的个性化发展。通过这种设置方式，清华大学旨在培养具有广泛知识和专业技能的高素质人才。