深圳高考试卷的出题机构主要有两个：

教育部考试中心：

负责全国统一高考的命题工作，包括语文、数学、外语等科目。全国卷分为一套或一套以上，供不同省份使用。

省教育考试院：

负责组织本省学业水平选择性考试科目的命题工作。

具体到深圳，作为广东省的一部分，其高考科目中的物理、历史、生物、化学、政治、地理等科目是由广东省命题的。而语文、数学、英语三门科目则采用全国卷，由教育部考试中心统一命题。

因此，深圳高考试卷的出题机构主要是教育部考试中心负责全国卷的命题，广东省教育考试院负责选择性考试科目的命题。