制药工程专业主要学习的课程包括以下几类：

基础化学课程

无机化学

有机化学

分析化学

生物化学

物理化学

药学相关课程

药理学

药剂学

药物化学

天然药物化学

应用光谱解析

药用高分子材料

制药分离工程

药物分析

制药装备与车间设计

药事管理学

药品营销

制药工程相关课程

化工原理

现代分子生物学

生物技术制药

药物合成反应

制药工艺学

工业药剂学

组织工程

酶工程与蛋白质工程

生物分离工程

药用植物学与生药学

实验与实践课程

药物分析实验

药理学实验

生物化学实验

化工原理实验

制药工艺实验

工业实践

计算机应用

科研与工程设计方法

选修课程

药品生产政策法规

生产环境

环保

药物计算机辅助设计

这些课程旨在培养学生具备扎实的化学、药学、制药工程基础理论和基本知识，掌握药物合成、有机精细化学品的基本合成、改性和配方的基本原理和基本技能，并具备制药过程方面的生产、经营管理、科研开发、应用研究等高级工程技术人才的能力。