根据最新的排名，全国应用物理学专业最好的大学如下：

北京大学（排名第1）

中国科学技术大学（排名第2）

清华大学（排名第3）

复旦大学（排名第4）

上海交通大学（排名第5）

南京大学（排名第6）

南开大学（排名第7）

吉林大学（排名第8）

浙江大学（排名第9）

武汉大学（排名第10）

这些大学在应用物理学领域具有很高的教学和研究水平，为学生提供了良好的学习环境和实践机会。建议学生在选择学校时，可以综合考虑自己的兴趣、学术背景和职业规划，选择最适合自己的学校。