宫崎大学拥有多个专业，其中一些专业在全国范围内享有盛誉。以下是宫崎大学的一些知名专业：

医学部

医学专业

护理学专业

工学部

材料物理工学

物质环境化学

电气电子工学

土木环境工学

机械系统工学

信息系统工学

农学部

食料生产科学

生物环境科学

地域农业系统学

应用生物科学

兽医学

教育文化学部

教育学专业

文化研究专业

研究生院

教育学研究科

医学系研究科（含硕士课程和博士课程）

工学研究科（含博士前期和后期）

农学研究科（硕士课程）

联合农学研究科（与鹿儿岛大学和山口大学研究生院共同开发）

宫崎大学的医学院以其高标准和严要求的作风闻名全国，而工学院的土木环境工学和农学院的应用生物科学等专业也获得了JABEE的认定。