南通大学最厉害的专业包括 临床医学、电气工程及其自动化、英语、汉语言文学和预防医学。这些专业被评为国家级特色专业，显示了它们在学术和行业内的卓越地位。

临床医学专业拥有强大的师资队伍和先进的医疗设施，培养了大量优秀的医学人才。电气工程及其自动化专业则注重实践和创新，为电力系统和自动化领域输送了大量人才。英语专业在语言教学和国际交流方面具有显著优势。汉语言文学专业作为传统学科，培养了大量文学和语言人才。预防医学专业则关注公共健康，致力于疾病预防和控制。

此外，汉语言文学、小学教育、电子信息工程、电气工程及其自动化、非织造材料与工程、护理学、机械工程、自动化和计算机科学与技术等专业也被视为南通大学的王牌专业。这些专业在教学质量和学生就业方面均表现出色。

建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，选择具有较强实力和良好发展前景的专业。