查理大学提供了一系列本科和硕士专业，涵盖了科学、工程、艺术、人文科学等多个领域。以下是一些主要的专业示例：

科学及工程专业

化学工程

电子计算机工程

土木工程

机械工程

材料工程

环境科学工程

物理学

地质学

信息工程

生物学

医学专业（包括护理、制药、应用生物工程）

人文及社会科学专业

文学

人类学

新闻学

管理学

市场营销

人力资源管理

经济学

金融学

社会学

艺术（包括艺术史、音乐、视觉艺术、表演艺术）

教育专业

幼儿教育

中小学教育

特殊教育

其他专业

哲学

历史

考古学

语言文学文化

音乐

国际关系

药学

解剖

临床医学

此外，查理大学还提供了一些硕士专业，例如：

科学及工程专业

环境研究与公共管理

海洋生物学

地球化学

地质学基础与沉积地质学

应用地球物理学

工程地质学与水利地质学

地理学与制图学

人文及社会科学专业

工商管理硕士（MBA）

国际管理

传播学

英语

表演艺术

教育社会学

语言学和语音学

社会科学（包括社会学基础、捷克和斯伐克社会学、捷克语言、政治研究、电影和摄影、新闻学、经济学、大众传播）

教育专业

特殊教育

教学学习与主张

查理大学的许多专业都提供英语授课选项，以适应国际学生的需求。