药物化学的专业排名如下：

中国药科大学

沈阳药科大学

北京大学

浙江大学

复旦大学

上海交通大学

山东大学

中山大学

四川大学

北京协和医学院

建议：如果你追求学术声誉和研究实力，中国药科大学和沈阳药科大学是最佳选择，它们在药物化学专业上均具有很高的排名和影响力。