南通大学的热门专业主要包括以下几类：

医学类专业

临床医学

口腔医学

基础医学

药学

工科类专业

计算机科学与技术

电子信息工程

电气工程及其自动化

机械工程

环境科学与工程

经济管理类专业

市场营销

国际经济与贸易

会计学

文学类专业

汉语言文学

新闻传播学

英语

其他专业

机器人工程

海洋工程

电子商务

特色专业

临床医学

电气工程及其自动化

这些专业在培养人才方面有着丰富的经验和优秀的师资力量，并且在就业市场上也有较好的前景。需要注意的是，专业的热门程度可能会随着时间和各种因素（如就业前景、师资力量、科研成果等）的变化而变化。