集美大学有多个专业被认为是最好的，以下是一些被广泛认可的专业：

航海技术：

该专业在全国专业排名中被评为A+档次，五星级专业，位列全国第3名。

水产养殖学：

该专业同样被评为A档次，五星级专业，位列全国第6名。

计算机科学与技术：

该专业被评为A档次，四星级专业，位列全国第15名。

轮机工程：

该专业被评为A档次，四星级专业，位列全国第5名。

软件工程：

该专业也是集美大学的王牌专业之一。

船舶与海洋工程：

该专业被评为A档次，四星级专业，位列全国第5名。

财政学：

该专业被评为A档次，四星级专业，位列全国第15名。

数学与应用数学：

该专业在国家级和省级的一流本科专业建设点中均表现突出。

机械设计制造及其自动化：

该专业在国家级一流本科专业建设点中表现突出。

通信工程：

该专业在国家级一流本科专业建设点中表现突出。

这些专业在国家级和省级的一流本科专业建设点中均表现突出，并且在全国的排名中也较为靠前。建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的专业。