2025年南京市三本大学排名如下：

1. 南京大学金陵学院

2. 东南大学成贤学院

3. 南京理工大学紫金学院

4. 南京航空航天大学金城学院

5. 南京理工大学泰州科技学院

6. 南京师范大学泰州学院

7. 南京信息工程大学滨江学院

8. 南京邮电大学通达学院

9. 苏州大学文正学院

10. 南京医科大学康达学院

11. 南京中医药大学翰林学院

建议：南京大学金陵学院