南通大学的冷门专业包括：

马克思主义理论：

虽然是一门科学的世界观和方法论，但由于其学术性和理论性，在就业市场上相对较少被优先考虑。

日语专业：

招生人数较少，就业市场竞争激烈，因此可以认为是冷门专业。但随着中日关系的不断发展，日语专业的需求可能会有所增加。

殡葬专业：

由于受封建思想的影响，殡葬专业可能会给人带来负面的印象，导致该专业的学生在社交和就业方面遇到困难。

哲学专业：

因其高针对性和理论性，限制了择业选择范围，对口工作岗位较少，因此可能被视为冷门专业。

博物馆学专业：

与考古和文物相关的专业常常被认为是冷门，因为这些领域可能面临招生不足的问题。

建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣、职业规划以及各专业的发展前景，选择更适合自己的专业。