大学设置专业学院的原因主要有以下几点：

专业化管理：

随着专业的不断细化和分类，大学将同一性质的专业集聚成学院，以便于管理和促进发展。

学科交叉：

学院有助于学科之间的交叉和融合，促进新兴学科和边缘学科的形成。

规模与层次：

学院通常拥有较大的规模，包括更多的师生人数和更广泛的设施资源。同时，学院可能涵盖硕士学科点、国家实验室等，承担更高级别的人才培养和科研任务。

提升名气：

一些知名大学通过建立独立学院来提升学校声誉，有助于在学科评估或大学排名中获得优势。

学生规模：

根据教育部门的规定，全日制在读学生较多的机构被称为大学，而学院则对研究生人数没有具体要求，但通常全日制学生人数不少于5000人。

组织结构：

学院是大学的二级机构，具有一定的独立性和自主权，但对外仍以大学的校名出现。

便于管理：

院系作为大学内部的分支，将性质相近或相似的专业聚集在一起，如学农的和学生物的在一起，学日语的和学英语的在一起，这样有助于管理。

整合教师资源：

通过院系的设置，可以更有效地整合教师资源，促进教学水平的提高。

分门别科研究：

院系有助于分门别科地专门研究某一方面的内容，例如神学院专门研究玄学和神秘学。

扩大功能和任务：

系升级为二级学院后，功能和任务得到扩展，包括高层次人才培养、学科建设、科学研究及科技开发等，并且能够形成交叉学科、边缘学科和新兴学科。

提高教育质量：

学院可以独立承担更多的教育和管理任务，从而提高教育质量。

适应社会需求：

学院和系的设置能够更好地适应社会和经济发展的需求，培养不同方向的人才。

实现社会化办学：

学院的社会服务功能日益显著，有助于实现社会化办学，加速高科技应用型人才的培养和科研成果向生产力转化。

综上所述，大学设置专业学院是为了更好地组织和管理教学、科研活动，适应不同学科的发展需要，并通过学院化来实现专业化和规模化的管理，从而提升教育质量和社会影响力。