根据2025年校友会中国大学排名，中国最厉害的三所大学如下：

北京大学：

北京大学以综合实力最强，连续19年问鼎中国大学冠军，得分为100分，位居第一。

清华大学：

清华大学紧随北京大学之后，得分99.71分，位居第二。

中国科学院大学：

中国科学院大学超越华东五校，挺进全国前三甲，得分90.87分，位列第三。

这三所大学在国内外享有极高的学术声誉和影响力，代表着中国高等教育的最高水平。建议学生在选择大学时，可以重点考虑这三所学校的优势学科和综合实力。