全国甲状腺外科医院排名中，以下医院较为知名：

北京协和医院：

拥有顶尖的专家团队，对于各种甲状腺疾病，从常见的甲状腺结节、甲亢、甲减，到复杂的甲状腺癌等，医生可以进行精细化的诊断和治疗。同时，医院的多学科协作模式也为患者提供了全方位的医疗服务。

上海交通大学医学院附属瑞金医院：

在甲状腺外科方面处于国内领先水平，尤其在手术治疗方面，医生注重应用微创手术，减少患者的创伤和痛苦，加快恢复速度。

四川大学华西医院：

甲状腺外科实力强劲，医生根据患者的门诊情况确定治疗方案，力求用创伤最小的方法帮助患者进行治疗，并注重患者的全程管理。

华中科技大学同济医学院附属同济医院：

在复旦版医院专科榜中甲状腺外科排名靠前，具体排名未详细列出，但其在甲状腺外科领域具有较高声誉。

复旦大学附属中山医院：

在普外科排名中位列前茅，虽然未详细列出甲状腺外科的具体排名，但作为一所顶尖医院，其甲状腺外科实力不容小觑。

建议您根据自身地理位置、医院声誉、医生团队以及个人具体病情，选择合适的医院进行咨询和治疗。