蒙古学校高三学生的数量因地区和学校而异。以下是一些具体数据：

肃北蒙古族学校：

这所学校是甘肃边境地区唯一以蒙古语授课为主的学校，目前共有小学一年级至高三近300名学生。

奈曼旗第一中学、实验中学、蒙古族中学、民族职业中专：

这四所高中共有2761名高三学生。

科左中旗蒙古族中学：

这所学校有大约1000名高三学生。

综上所述，蒙古学校高三学生的数量大约在1000名左右。