合肥的高考军校及其专业设置如下：

陆军炮兵防空兵学院

专业：

测控技术与仪器、电气工程及其自动化、通信工程、光电信息科学与工程、计算机科学与技术等。

国防科技大学电子对抗学院

专业：

电子信息技术类本科专业。

中国人民解放军电子工程学院

专业：

通信对抗、雷达对抗、光电对抗、导航对抗等。

中国人民解放军装甲兵学院

专业：

武器系统与工程、装备试验鉴定、作战任务规划保障、武器装备管理与应用等。

合肥工业大学

专业：

国防科技、军事工程等专业。

中国人民解放军陆军工程大学（原解放军理工大学）

专业：

军事工程、测绘工程等。

中国人民解放军空军工程大学

专业：

航空工程、电子信息工程等。

中国人民解放军海军工程大学

专业：

船舶工程、海洋工程等。

中国人民解放军国防科技大学

专业：

军事科学、军事工程等。

中国人民解放军合肥电子工程学院

专业：

信息战相关。

国防科技大学电子对抗学院合肥分校

专业：

电子干扰和反干扰等新型高技术兵种。

中国人民解放军陆军炮兵防空兵学院

专业：

炮兵、防空兵指挥军官等。

这些军校和专业涵盖了军事学、工学、理学、管理学、哲学、文学等多个学科门类，为考生提供了丰富的选择。建议考生根据自己的兴趣和职业规划，选择合适的军校和专业进行报考。