以下是日本忍者学专业的排名情况：

三重大学：

在全国率先开设忍者学课程，旨在培养从学术、科学角度研究忍者的人才。其“忍者及忍术学”硕士专业是较为知名的一个研究方向，课程内容包括忍术训练、忍者文化学习等。

上智大学：

设有神学专业，虽然与忍者学不完全相同，但在日本高校中属于较为冷门的专业之一。

综上所述，目前日本在忍者学专业领域，三重大学是较为领先和知名的高等教育机构，其“忍者及忍术学”硕士专业在学术界和就业前景上都有较好的表现。