以下是军事系指挥专业的排名情况：

国防科技大学：

985院校，全军顶尖军校，专业涵盖广泛，录取分数线高。

中国人民解放军海军军医大学：

211工程建设高校，隶属于后勤部主管，是全军含金量很高的军医大学。

中国人民解放军信息工程大学：

位于河南省，是全军知名的信息类军校。

空军工程大学：

专注于空军相关专业的军事院校。

中国人民大学：

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第一。

中国政法大学：

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第二。

北京大学：

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第三。

清华大学：

在海警舰艇指挥与技术专业以及边防指挥专业中均排名第四。

中国人民解放军国防大学：

在指挥类专业方面具有很高的教学水平和科研实力。

中国人民解放军陆军指挥学院：

主要培养陆军军政指挥人才。

中国人民解放军海军指挥学院：

担负培养海军中高级指挥人才任务。

中国人民解放军空军指挥学院：

专注于空军指挥人才的培养。

建议有意向报考指挥专业的学生重点考虑这些院校，因为它们在指挥专业方面具有很高的教学水平和科研实力，是培养军队指挥人才的重要基地。