高考军校的冷门专业主要包括以下几类：

强基计划和无军籍专业

国防科大的强基计划仅包括数学和物理专业。

无军籍的计算机类、电子信息类、大气科学类等专业在地方就业前景较好。

特定军事专业

陆军工程大学的陆航相关专业。

陆军装甲兵学院的非陆军方向专业，如管理科学与工程类、仿真工程、材料科学与工程、装备再制造工程、武器系统与工程等。

陆军特种作战学院的特战专业。

武警特种警察学院的特战专业。

指挥类专业

指挥类专业相对较为冷门，尤其是军事指挥专业，一般不招收女生，只在研究生阶段招收少量女生。

其他冷门专业

土木工程（阵地工程与指挥）。

火力指挥与控制工程（炮兵武器维修与管理）。

导弹工程（防空装备技术保障）。

军用材料工程。

宗教学。

建议

了解就业前景：虽然这些专业在军校中相对冷门，但它们在地方就业市场上可能具有较好的前景，尤其是计算机类、电子信息类和大气科学类专业。

考虑个人兴趣：选择专业时，除了就业前景，还应考虑个人的兴趣和职业规划。

关注招生信息：军校的招生专业和分数线可能会随时间和各种因素（如就业率、学科发展等）的变化而变化，建议及时关注相关招生信息。

这些信息可以帮助你更好地了解高考军校的冷门专业，从而做出更合适的选择。