哈尔滨工程大学在2025年中国大学排名中位列全国第60位。在理工类大学中，哈尔滨工程大学排名第23位。哈工程大学的船舶与海洋工程专业在全国和全球范围内均享有极高的声誉，入选“双一流”学科，并在国家第四轮学科评估中获评A+级，排名全国第一。此外，哈尔滨工程大学还有多个专业位列全国前列，如计算机科学与技术、控制科学与工程、动力工程及工程热物理、信息与通信工程、核科学与技术、机械设计制造及其自动化等。