上智大学的专业设置非常全面，涵盖了从本科到研究生教育的多个领域。以下是部分主要专业：

本科专业

神学部：神学科

文学部：哲学科、史学科、国文学科、英文学科、德国文学科、法国文学科、新闻学科

综合人类科学部：教育学科、心理学科、社会学科、社会福祉学科、看护学科

法学部：法律学科、国际关系法学科、地球环境法学科

经济学院：经济学科、经营学科

外国语学院：英语学科、德语学科、法语学科、西班牙语学科、俄语学科、葡萄牙语学科

国际教养学部：国际教养学科

研究生专业

神学研究科：神学专攻（博士前期课程）、组织神学专攻（博士后期课程）

哲学研究科：哲学专攻

文学研究科：史学专攻、国文学专攻、英美文学专攻、德国文学专攻、法国文学专攻、新闻学专攻、文化交涉学专攻

総合人类科学研究生院：教育学专业、心理学专业、社会学专业、社会福利学专业、护理学专业

上智大学以其国际化的教育环境和高质量的教学而著称，特别是在外语专业、新闻专业、国际教养学部以及法学专业等方面享有很高的声誉。