合肥制药工程专业的排名情况如下：

四川大学

中国药科大学

沈阳药科大学

华东理工大学

湖北工业大学

合肥工业大学

合肥工业大学（全国排名5位）

合肥工业大学（全国排名前十之内）

综合以上信息，合肥工业大学在制药工程专业的全国排名中位于第六位和第五位。建议您根据最新的权威教育评级机构发布的数据来确认最新的排名情况。