耶拿大学是德国著名的综合性公立大学，拥有丰富的专业设置，涵盖自然科学、社会科学、人文科学等多个领域。以下是耶拿大学的一些主要专业：

神学院- 宗教研究

法学院- 法律学

科学院- 自然科学研究

哲学院- 哲学

社会学与行为科学学院- 社会科学

数学与通讯学院- 数学、通讯学

物理天文学院- 物理学、天文学

化学与地理学院- 化学、地理学

生物-药物学院- 生物学、药物学

医学院- 医学

耶拿大学的优势专业包括：社会学、哲学、心理学、语言学、光学、经济学、物理学、生物科学、建筑设计与评估、设计与工业、食品健康学、体育科学、电信与网络工程、网络与多媒体工程、教育学、政治学、文学研究、传媒与艺术。

此外，耶拿大学还设有马克斯-普朗克研究所，在生物地质化学、化学生态学、人类历史科学等领域进行研究。