高三学生选择在家自学时，想要保留学籍，需要遵循以下步骤：

与学校沟通：

首先，需要与所在学校的教务处或行政部门取得联系，并明确表达想要保留学籍的意愿。

提交书面申请：

根据学校的要求，准备一份详细的书面申请。在申请中，需要阐述保留学籍的具体理由和计划，包括未来的学业和职业发展等。

提供证明材料：

根据学校可能的要求，提供相关的证明材料。例如，如果是因家庭困难或身体健康问题需要保留学籍，应提供相应的证明文件。

了解学校规定：

详细了解学校对于保留学籍的具体规定和要求，确保自己的申请符合学校的标准。

耐心等待审批：

提交申请后，需要耐心等待学校的审批结果。在这期间，可以继续按照学校的要求完成相关的学业任务，以保持学籍的有效性。

此外，有几种特殊情况需要注意：

复读在家自学：如果选择在家自学，档案可以从原学校教务处取出，自行保管，并在高考报名时使用。原学校也会保留档案一年。

退学后自学：另一种选择是退学后在家自学，等学成后直接在街道或乡镇教委报名参加高考。

建议在决定在家自学前，仔细了解学校的政策和要求，并与学校进行充分沟通，以确保保留学籍的过程顺利。同时，考虑到自学可能带来的自律和时间管理上的挑战，建议制定详细的学习计划，并保持与学校或老师的联系，以便在需要时获得帮助和支持。