清华大学数学系目前提供以下两个本科专业：

数学与应用数学专业

培养目标：旨在培养高素质的数学与应用数学人才，为现代数学的发展和现代化建设培养领军人物。

课程设置：在本科一、二年级着重于数学基础训练，并引导学生接触现代数学思想和框架。高年级时，学生可选择专业方向，如基础数学、应用数学，或分流到物理或其他院系。开设课程涵盖基础数学、应用数学、计算数学、运筹学、统计学等领域。

信息与计算科学专业

培养目标：应对信息时代对数学的需求，培养信息技术发展中的数学人才。学生具有敏锐的数学思维和良好的数学修养，能够在高科技领域发挥重要作用。

课程设置：学生在本科阶段学习数学和物理基础，并逐渐接触专业课程。专业课程与研究生课程自然衔接，适应连读培养模式。

这两个专业均属于教育部规定的学科，并且在学科评分中获得了A+的评价。