办理高三旷课档案的流程可能因学校而异，但以下是一些建议的步骤：

沟通协商

首先，尝试与学校相关部门（如学生事务处、档案馆）联系，了解档案扣留的具体原因。

提出合理诉求，例如要求立即归还档案，并保持冷静和理智，避免情绪化言辞。

查阅法律法规

了解《档案法》及相关教育政策，明确自身权益和学校责任，为协商或法律途径提供法律支持。

法律途径

如果沟通协商无果，可以向当地教育部门投诉，请求其介入调解。

若仍无法解决问题，可以咨询律师，准备相关证据材料，通过法律诉讼要求学校归还档案并赔偿损失。

保持记录

在整个过程中，保持沟通记录和收集相关证据，如沟通记录、催缴学费通知、扣留档案证明等，以便在需要时证明自己的立场和学校的行为。

积极改错

达到规定时间后，像学校申请撤销处分，态度端正积极改错，班主任同意，基本上学校还是不会为难学生的。

找校领导商量

在以后表现好一点，然后找校领导商量，将记录取消。

建议你在处理此类问题时，保持耐心和理智，尽量通过协商和法律途径解决问题，以维护自己的合法权益。