吉首大学医学院目前开设的专业包括：

临床医学

护理学

针灸推拿学

医学影像技术

医学检验技术

其中，临床医学、护理学和针灸推拿学3个专业为湖南省一流本科专业建设点。学院还拥有临床医学和护理2个一级学科硕士专业学位授权点和基础医学一级学科硕士学术学位授权点。