选择日本本科专业时，可以考虑以下几个方面：

兴趣为先：

兴趣是最好的老师，选择一个自己感兴趣的专业能够让你在学习过程中更加投入，并且未来的职业道路也会更加顺畅。

专业排名：

除了兴趣，还可以参考专业的排名情况。有些学校虽然整体排名不高，但在某些专业领域却非常出色。选择专业时，可以关注学校和专业在各类排名榜单中的表现，如QS、THE等。

就业前景：

了解不同专业的就业前景和发展方向，选择那些在日本及国际上都有良好就业前景的专业，如计算机互联网、机器人科学、动漫专业等。

学校综合实力：

如果未来打算继续深造或进入大企业工作，学校的综合实力和认可度也是重要的考量因素。东京大学、京都大学等旧帝大在多个领域都有很高的学术水平和就业竞争力。

跨专业跨度：

如果打算从其他专业转专业，需要考虑跨专业的难度。一般来说，文转理、非艺术转艺术等跨度较大的专业难度较大，需要提前做好准备。

特殊专业要求：

某些特殊专业如医学类，特别是临床医学专业，虽然日本大学简章中写明招收留学生，但录取率非常低。相对而言，健康学和药学等专业则较为容易一些。

未来规划：

考虑自己的长期职业规划，选择那些能够支持你实现职业目标的专业。例如，如果打算在日本就业，可以选择一些在日本热门且就业前景良好的专业，如农学、海洋研究、宇航研究等。

综合以上因素，可以根据自己的兴趣、职业规划以及学校的综合实力和专业排名来选择最适合自己的本科专业。如果不确定自己的兴趣和职业规划，可以先选择一些通用性强、就业面广的专业，如经济学、工学等，然后再根据具体兴趣和长期目标进行进一步的专业选择和学校申请。