日本三重大学的专业设置相当丰富，涵盖了人文学科、社会科学、教育、工学、生物资源科学和医学等多个领域。具体专业如下：

人文学部

文化学科

社会科学科

教育学部

学校教育教员培养课程

信息教育课程

生涯教育课程

人类发达科学课程

附属教育实践综合中心

附属小学校

附属中学校

附属养护学校

附属幼儿园

工学部

机械工学科

电气电子工学科

分子素材工学科

建筑学科

信息工学科

物理工学科

生物资源学部

资源循环学科

共生环境学科

生物圏生命科学科

附属纪伊･黑潮生命地域ﾌｨｰﾙドｻｲｴﾝｽ中心

附属练习船势水丸

医学部

医学科

看护学科

附属医院

大学院

人文社会科学研究科（硕士课程）

教育学研究科（硕士课程）

医学系研究科（硕士课程）（博士课程）

工学研究科（博士课程）

生物资源学研究科（博士课程）

此外，三重大学还开设了以下特色专业和研究方向：

忍者学（人文社会科学研究科地域文化论专业的一个研究方向）

密教学（高野山大学文学部开设的专业，但三重大学并未明确提及）

这些专业和研究方向为学生提供了广泛的学术和职业选择，涵盖了从基础理论到实际应用的多个层面。