南京理工大学有多个专业在就业市场上表现优异，以下是一些最好就业的专业：

武器系统与工程：

该专业毕业生在科研单位、高等学校、生产企业和管理部门有较多的就业机会，就业率极高，达到100%。

计算机科学与技术：

作为互联网时代的“香饽饽”，计算机专业的毕业生在软件开发、系统分析、网络管理等领域有广泛的就业机会，就业率高达90%以上。

电子信息工程：

该专业毕业生在通信、电子设备制造、自动化控制等领域有较多的岗位需求，就业前景广阔。

自动化：

自动化专业的毕业生就业率非常高，达到98.52%。

机械工程及自动化：

毕业生在机械制造、汽车制造、航空航天等领域有较多的就业机会，就业率较高。

材料科学与工程：

毕业生在新材料研发、材料加工等领域有较好的就业前景，就业率较高。

化学工程与工艺：

该专业毕业生在化工企业、石油化工企业等领域有较多的岗位需求，就业率较高。

能源与动力工程：

毕业生在能源相关领域有较多的岗位需求，就业率较高。

通信工程：

通信工程专业的毕业生就业率也非常高，达到98.36%。

兵器科学与技术：

作为南京理工大学的王牌专业，兵器科学与技术专业的就业前景一片光明，薪资水平高。

这些专业在就业市场上表现优异，但具体就业情况还需结合个人兴趣、能力和职业规划来选择。建议在选择专业时，详细了解各专业的课程设置、师资力量、实习机会以及行业需求等信息，以便做出更为明智的选择。