制药应用技术和环境保护专业各有其优势，具体选择哪个专业更好取决于个人的兴趣和职业规划。

制药应用技术专业

培养方向：主要培养药品生产、研发、质量控制等方面的人才。

就业前景：药品行业目前处于大力发展的状态，市场需求量大，发展前景较好。该专业毕业生可以在药品生产企业、研发机构、质量控制部门等找到稳定的工作。

环境保护专业

培养方向：主要培养环境治理、环保设备制造、环境监测等方面的人才。

就业前景：随着环保意识的增强和政策的推动，环境保护专业的需求也在增加。毕业生可以在环保部门、科研机构、环保设备制造企业等从事规划、设计、施工、管理等工作。

综合比较

兴趣和职业规划：如果你对药品生产、研发、质量控制等方面比较感兴趣，那么制药应用技术专业可能更适合你。如果你对环境治理、环保设备制造、环境监测等方面比较感兴趣，那么环境保护专业可能更适合你。

就业需求：从就业需求来看，化学工程与工艺、制药工程、能源化学工程、精细化工等化工与制药类专业需求量大一些，特别是能源化学工程作为国家战略新兴产业专业，发展前景光明。

建议：

了解自身兴趣：首先，了解自己对哪个领域更感兴趣，兴趣是最好的老师，也是未来职业发展的动力。

调研就业市场：其次，调研两个专业的就业市场情况，了解行业需求和未来发展趋势。

考虑个人发展：最后，考虑个人的职业发展规划，选择能够支持自己长期发展的专业。

希望这些信息对你有所帮助，祝你做出明智的选择!