菏泽学院的特色专业排名如下：

机械电子工程：

推荐指数4.4，121人推荐。

汉语言文学：

推荐指数4.3，87人推荐。

体育教育：

推荐指数4.3，85人推荐。

艺术设计：

推荐指数4.2，82人推荐。

财务管理：

推荐指数4.5，77人推荐。

思想政治教育：

推荐指数4.1，65人推荐。

自动化：

2021年度省级一流本科专业建设点。

生物科学：

省级特色专业。

物理学：

省级特色专业。

化学工程与工艺：

省级特色专业。

环境科学与工程：

全国排名第2名，A+ 。

能源化学工程：

全国排名第3名，A 。

生物技术：

全国排名第23名，B+ 。

制药工程：

全国排名第25名，B+ 。

生物工程：

全国排名第26名，B+ 。

食品科学与工程：

全国排名第37名，B+ 。

应用化学：

省级重点学科。

理论物理：

省级重点学科。

这些专业在推荐指数、推荐人数以及在全国和省级的排名中均表现出色，是菏泽学院的王牌专业。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些专业，以获得更好的学术和职业发展机会。